文殊院始建于隋朝大业年间，历经唐、五代、宋、元、明诸朝，过去称为信相院、信相寺，直至清朝康熙三十六年(1697年)之后，才更名为文殊院。
大约在康熙二十年(1681年)，慈笃禅师来到信相院荒废的遗址， 发愿修复其剃度师信相井觑老和尚曾经住持的道场。因信相院在明末被战火夷为废墟，慈笃禅师便栖身于两株古杉之间，秉持禅修，结茅而居。不久之后，禅师修持卓异，在禅定中显现火光瑞相，老百姓觉得神奇而不可思议，认为他是“文殊菩萨”现世。由于百姓对慈笃禅师密行的仰慕，于是感得官府、士大夫的鼎立支持，遂更名为文殊院。
由于慈笃禅师德行高洁，声名远扬，康熙皇帝听闻后十分仰慕，曾三次书诏，邀请慈笃禅师进京，但禅师都委婉谢绝。康熙四十一年(1720xx年)，康熙皇帝御赐“空林”绢本横幅，派专使赐抵文殊院，因此文殊院又名“空林堂”。
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