法律分析：当法官提出证据存在违反法律程序的问题的质疑时，应当根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第九十三条的规定进行相应的处理。如果证据确实存在违反法律程序的问题，应当予以排除，不能作为定案的依据。
法律依据：
1.《中华人民共和国刑事诉讼法》第九十三条规定：“法院应当根据被告人的质证或者辩解及其他相关证据，对控辩双方提出的证据进行审查。对于可能对案件认定有重大影响的证据，应当指定鉴定人鉴定或者组成鉴定委员会鉴定。”
2.《中华人民共和国刑事诉讼法》第九十四条规定：“在审查证据过程中，发现有下列情形之一的，应当排除：
（一）证据是在依法规定的范围和程序外取得的；
（二）证人证言不符合事实；
（三）证据是从犯罪嫌疑人或者被告人非法获取的；
（四）证据是伪造的、篡改的或者以其他方式毁损的；
（五）其他证据排除的情形。”
在应对法官提出的证据存在违反法律程序的问题的质疑时，需要严格遵守以上法律依据，确保证据的合法性和可信度，保障案件的公正审理。
因篇幅问题不能全部显示，请点此查看更多更全内容