周末一般是不可以办健康证的。疾控中心属于事业单位，按政府单位上班时间，一般周末双休，有急事有人值班，但不开展日常业务。因此当事人一般应当在工作日时来办理健康证。
法律依据：
《中华人民共和国食品安全法》
第四十五条
食品生产经营者应当建立并执行从业人员健康管理制度。患有国务院卫生行政部门规定的有碍食品安全疾病的人员，不得从事接触直接入口食品的工作。从事接触直接入口食品工作的食品生产经营人员应当每年进行健康检查，取得健康证明后方可上岗工作。
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