公司与员工协议不交社保费用是不合法的，员工有权要求公司按时依法缴纳社会保险费用。但劳动者必须在劳动争议发生之日起60天内提出申请，否则将失去诉讼权利。
法律分析
公司与员工协议不交社保费用是不合法的，公司应当按照原有的政策继续执行，为员工按时依法缴纳社会保险费用。在劳动争议发生之日起60天内。超过申请时效，就是放弃了诉讼权利，其权利要求只能通过其他途径主张。时效也包括追索权利的时间限制(权利要求追索的时间范围)，一般情况下，劳动者只能追索60天内的权利。
拓展延伸
违反社保公积金缴纳规定的公司面临的法律责任
违反社保公积金缴纳规定的公司将面临严重的法律责任。根据相关法律法规，公司未按时足额缴纳社保公积金将面临罚款、行政处罚甚至刑事责任的可能。罚款金额根据违规情况和相关法律规定而定，可能会导致公司财务负担加重。此外，行政处罚可能包括责令补缴、暂停资质、吊销营业执照等，对公司运营造成严重影响。在严重违法情况下，相关责任人员可能会面临刑事处罚，包括罚款、拘留甚至刑事拘留。因此，公司应严格遵守社保公积金缴纳规定，以避免承担法律责任所带来的不利后果。
结语
公司与员工协议不交社保费用是违法的，公司应按原有政策继续为员工依法缴纳社会保险费。超过60天的申请时效即放弃了诉讼权利，只能通过其他途径主张权利要求。违反社保公积金缴纳规定的公司将面临严重的法律责任，包括罚款、行政处罚甚至刑事责任。公司应严格遵守规定，以避免不利后果。
法律依据
《中华人民共和国劳动法》第七十二条社会保险基金按照保险类型确定资金来源，逐步实行社会统筹。用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。
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