店铺房产税收费方式如下：
1、契税：一般是房款的1%，面积在90平米以下并且是首套房的可以缴纳1%，面积在90平以上144平以下缴纳1.5%，面积在144平米以上的需要缴纳4%，以下情况按照3%缴纳：
（1）144平方以上；
（2）买方不是首次购房；
（3）车库；
（4）非普通住宅。
2、营业税：房产证未满5年的交5.6%，产证满五年可以免交营业税；
3、个人所得税，1%房产证满5年并且是唯一住房的可以免除；
4、交易费：3元每平方米；
5、测绘费：按各区具体规定；
6、工本费：一个证件80元，二个证件90；
7、评估费：评估总额的千分之五银行贷款需要缴纳。抵押工本费为100元银行贷款需要缴纳；
8、购房证明：20元一份一般需开3份；
9、公证收费标准：300元如不能本人亲自办理，需要办理本业务收费。
法律依据：《中华人民共和国契税暂行条例》第九条
纳税人应当自纳税义务发生之日起10日内，向土地、房屋所在地的契税征收机关办理纳税申报，并在契税征收机关核定的期限内缴纳税款。
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