母猫生殖系统常见疾病有如下几种：
卵巢囊肿
母猫是属于光照发情，只在要光照充足的季节，母猫都有可能会发情，这样的光照当然也包括日光灯ㄛ，而且台湾四季如春，光照充足，所以生活在台湾的母猫常常会发生持续发情的现像，有些猫奴会对这样的持续发情不胜其扰，当母猫一直持续出现发情症状时，就必须怀疑卵巢囊肿的可能。
临床上在施行节育手术常常会发现卵巢上长了大水泡，这就是过度发情的原因了，一般而言，这样的持续发情会造成母猫消瘦、甚至贫血的现像，以往所采用的荷尔蒙治疗因为会有子宫蓄脓及乳房肿瘤等可怕的副作用，所以并不建议采用，最好的方法还是施行节育手术才能一劳永逸。
子宫蓄脓
子宫蓄脓对很多狗狗的畜主而言应该是不陌生的疾病，但对猫奴而言可是比较罕见且容易轻忽的疾病，因为猫咪发生子宫蓄脓时并不会像狗狗一样出现急性且明显的症状，往往会拖到很严重时才会被猫奴或兽医师所发现，特别是开放式的子宫蓄脓，会从母猫的阴道持续流出脓或脓血样的异常分泌物，而猫咪爱干净的天性会使得这些分泌物一直被舔得干干净净，使得猫奴不容易发现。
一般而言，子宫蓄脓的猫咪在末期才会出现明显的临床症状，包括：发烧、厌食、呕吐、虚弱等。子宫蓄脓的成因是助孕素及细菌，在异常的助孕素作用下，子宫会发生充血肿涨，里面并富含大量营养的液体，这就使得细菌容易滋生壮大，进而形成所谓的子宫蓄脓，因此未节育的母猫、施打助孕素来避孕的母猫、常常发生假怀孕的母猫都是子宫蓄脓的高危险群。
子宫蓄脓的治疗还是建议施行子宫卵巢摘除术，术后因为可能会有败血症、菌血症、毒血症的发生，所以必须住院治疗三天。
乳房肿瘤
这是老母猫常见的肿瘤疾病，大多发生于未施行节育手术的母猫、常常假怀孕的母猫，一般咸信乳房肿瘤的发生与助孕素有极大的相关性，所以为了避免乳房肿瘤的发生，应即早将母猫节育。
乳房肿瘤可以简单区分为良性或恶性，但肉眼并无法确认，必须藉由组织病理切片的检查才能判定，对于早期发生的乳房肿瘤应尽早切除并进行组织病理切片检查，若发病母猫尚未节育，也应同时进行节育手术。
若不幸是恶性肿瘤时，应进行胸腔X光检查，确认是否有肺部的转移发生，或许也必须进行更广泛区域的乳房切除及化学治疗。
假怀孕
假怀孕是荷尔蒙不平衡的一种现像，就是未怀孕的母猫却出现与怀孕相同的荷尔蒙状态，此时血液中的助孕素会维持在高浓度，而先前已提及助孕素在妇科疾病中所扮演的重要角色，所以我们可以说假怀孕是妇科疾病的万恶之首，一旦您发现您家的母猫在未怀孕的状态下却出现乳房肿涨、泌乳、筑巢行为等状况时，就表示您的爱猫发生假怀孕了，更表示未来有更高的风险发生子宫蓄脓、乳房肿瘤。